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某些情况下，在综合分析沸点、分子量及保留时间等因素后，会出现匹配度较低的化合物更可能是待测成分的情况。此外，某些成分可能在谱库中无法查询到相应结构，或者对于给出的结构受限于信息缺乏、人员认知不足等无法作出准确判断，则只能在结果中报出匹配度的化合物信息。待测化合物的分子量越小，其断裂形成的碎片离子越小，也越容易受到空气中各种小分子成分的干扰，造成匹配度低，进而影响结构的判断。实际样品中甲的质谱图与标准谱库中的匹配度通常只有不到1%。

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